脫硫塔雙堿法脫硫工藝主要包括5個部分：
(1)吸收劑制備與補充；
(2)吸收劑漿液噴淋；
(3)塔內霧滴與煙氣接觸混合；
(4)再生池漿液還原鈉基堿；
(5)石膏脫水處理。

雙堿法煙氣脫硫工藝同石灰石/石灰等其他濕法脫硫反應機理類似，主要反應為煙氣中的SO2先溶解于吸收液中，然后離解成H+和HSO3—；
             SO2(g)= = = SO2(aq)                      （1）
       SO2(aq)+H2O(l) = = =H++HSO3— = = = 2H++SO32-； （2）
式（1）為慢反應，是速度控制過程之一。
然后H+與溶液中的OH—中和反應，生成鹽和水，促進SO2不斷被吸收溶解。具體反應方程式如下：
2NaOH + SO2            → Na2SO3 + H2O 
Na2SO3 + SO2 + H2O → 2NaHSO3
脫硫后的反應產物進入再生池內用另一種堿，一般是Ca(OH)2進行再生，再生反應過程如下：
Ca(OH)2 + Na2SO3  → 2 NaOH + CaSO3
Ca(OH)2 + 2NaHSO3 → Na2SO3 + CaSO3•1/2H2O +1/2H2O
存在氧氣的條件下，還會發生以下反應：
Ca(OH)2 + Na2SO3 + 1/2O2 + 2 H2O → 2 NaOH + CaSO4•H2O
脫下的硫以亞硫酸鈣、硫酸鈣的形式析出，然后將其用泵打入石膏脫水處理系統或直接堆放、拋棄。再生的NaOH可以循使用。